Críticas MSN Messenger

El protocolo es cerrado y Microsoft ha hecho dos intentos para bloquear a terceros clientes. Sin embargo los algoritmos han sufrido ingeniería inversa.
Cada versión de MSN Messenger que ha sido lanzada ha tenido enteramente como objetivo a los usuarios del sistema Windows, dejando a los usuarios de los sistemas Mac OS y GNU/Linux
con un cliente de funciones limitadas, permitiéndoles solo chatear con usuarios de MSN pero sin formas adicionales de interactuar (por ejemplo, la cámara web). Algunos creen que esta es una forma de forzar a los usuarios de Macintosh a usar Windows, así podrían emplear un MSN Messenger completo.
Los usuarios de GNU/Linux
también han sido dejados al margen, necesitando software de terceros para iniciar una sesión y acceder a su perfil almacenado en los servidores de MSN Messenger. Aquel software de terceros es usualmente una de los muchos clientes alternativos de mensajería instantánea como aMSN
, Pidgin (Gaim) o Kopete. Gaim y Kopete están incluidos en muchas distribuciones GNU/Linux, dando acceso a otros protocolos de mensajería instantánea como Jabber, AOL, Yahoo! y ICQ.

MSN Messenger contiene una barra de publicidad y que los otros programas de MI (Gaim, Trillian etc) no contienen. Algunos críticos consideran la interfaz sobrecargada, sin opciones de configurarla.
Para el caso del Windows Messenger, no hay cliente equivalente en Mac OS o GNU/Linux, siendo un servicio de mensajería totalmente cerrado. Este cliente trabaja exclusivamente con servidores de Exchange y por lo mismo es difícil una implementación de forma libre. Hay algunas implementaciones en productos comerciales. Para los usuarios de GNU/Linux, solo queda esperar a que el protocolo Sip/Simple complete la implementación de ese protocolo, que fue roto en base a ingeniería inversa.
Como críticas favorables, el MSN Messenger es el servicio de mensajería instantánea con más usuarios en el mundo. Además fue pionero en su primera versión como programa de mensajería instantánea. En su nueva versión permite además agregar contactos de correos Yahoo!.